Các con trai của Vua Philip IV là Louis X, Philip V và Charles IV đều không để lại những người thừa kế nam còn sống, dẫn đến việc chồng của Jeanne lên ngai vàng Pháp. Chiến tranh Trăm năm ngay lập tức bùng nổ sau đó do Edward III của Anh, cháu ngoại của Philip IV, tuyên bố muốn đội vương miện của Pháp. Với tính thông minh và có ý chí mạnh mẽ, Jeanne đã chứng tỏ bà là một người nhiếp chính có khả năng trong khi chồng bà chiến đấu. Tuy nhiên, bản chất và sức mạnh của bà đã khiến cả bản thân bà và chồng bị mang tiếng xấu, nhất là bởi sự dị dạng về thân thể của bà (được một số người coi là "dấu hiệu của tội ác"), và bà bị chế giễu với một cái tên mỉa mai "la male royne boiteuse" ("Nữ hoàng què quặt"). Một biên niên sử mô tả Jeanne là mối nguy hiểm cho kẻ thù của mình trước tòa: "Nữ hoàng Jeanne de Bourgogne... giống như một vị vua tranh quyền vậy, và bà ta và gây ra sự hủy diệt của những người chống lại ý chí của bà ta một cách tàn độc."[3]

Bà cũng được coi là một người phụ nữ có trình độ học vấn cao và là một người mê đọc sách. Bà đọc Jeu d'échecs moralisés của Jacques de Cessoles (viết khoảng năm 1347).

Jeanne qua đời vì bệnh dịch hạch ngày 12 tháng 12 năm 1349. Chồng bà kết hôn với cháu họ xa của mình là Blanche d'Évreux, Vương hậu Pháp, con gái nữ vương Jeanne II của Navarra.[4] Bà được chôn cất trong Vương cung thánh đường Saint Denis. Ngôi mộ của bà được xây dựng bởi người cháu nội Charles V, nhưng đã bị mạo phạm trong Cách mạng Pháp.